Akreditované vzdělávací programy podle zákona č. 95/2004 Sb. před novelou zákona v roce 2017

Fakultní Thomayerově nemocnici byla udělena akreditace MZ pro specializační vzdělávání nebo zaměření  doplňující odborné praxe podle zákona č. 95/2004 Sb., o podmínkách získávání a  uznávání odborné způsobilosti a specializované způsobilosti k výkonu  zdravotnického povolání lékaře, zubního lékaře a farmaceuta v těchto  specializačních oborech:

Alergologie a klinická imunologie  
Anesteziologie a resuscitace  
Dětská a dorostová psychiatrie
Dětská chirurgie 
Dětská neurologie
Dětské lékařství  
Diabetologie a endokrinologie
Gastroenterologie
Geriatrie  
Gynekologie a porodnictví  
Hematologie a transfuzní lékařství
Hrudní chirurgie
Chirurgie
Infekční lékařství
Intenzivní medicína
Klinická biochemie
Klinická farmacie
Klinická onkologie
Klinická výživa a intenzivní metabolická péče
Lékařská genetika
Lékařská mikrobiologie
Nemocniční lekárenství
Neurologie
Oftalmologie
Onkochirurgie
Onkourologie
Otorinolaryngologie a chirurgie hlavy a krku
Patologie
Pneumologie a ftizeologie
Radiační onkologie
Radiologie a zobrazovací metody
Rehabilitační a fyzikální medicína
Revmatologie
Traumatologie
Urogynekologie
Urologie
Veřejné lékárenství
Vnitřní lékařství
Všeobecné praktické lékařství