Ve Fakultní Thomayerově nemocnici realizují svoji výuku lékařské fakulty Univerzity Karlovy.
www.lf1.cuni.cz 1. lékařská fakulta UK Praha
www.lf2.cuni.cz 2. lékařská fakulta UK Praha
www.lf3.cuni.cz 3. lékařská fakulta UK Praha